Mike Wikan, der führende Designer bei Retro Studios, sagte Folgendes zur Kompatibilität des Savegames aus Metroid Prime 3: Corruption mit der Metroid Prime Trilogy:
Wegen der Änderungen an den Spieledaten und am Quellcode, werden die Savegame-Daten aus Metroid Prime 3 Corruption nicht mit der Metroid Prime Trilogy funktionieren.
Das heißt, man wird wohl das Spiel neu durchspielen müssen.